Ústavní soud rozhodl, že část smlouvy s Vatikánem je v rozporu s českým ústavním pořádkem. Ratifikaci tak nelze dokončit, dokud se rozpor neodstraní. Problematickými body smlouvy jsou podle ÚS zpovědní tajemství a přístup k církevním archivům, ve zbytku je dokument v pořádku. Návrh na posouzení takzvaného konkordátu podala skupina senátorů, pochybnost vyjádřil i prezident Petr Pavel, jehož podpis chybí k ratifikaci. Naopak někdejší vláda Petra Fialy (ODS) smlouvu hájila, stejně jako Česká biskupská konference.
Smlouva uvádí, že „Česká republika uznává zpovědní tajemství“, a to bez dalšího upřesnění. Podle ÚS tak poskytuje katolické církvi privilegovanou a bezvýjimečnou ochranu zpovědního tajemství, zatímco u jiných církví je ochrana obdobných práv limitovaná, stejně jako v případě advokátní mlčenlivosti.
Další sporný bod smlouvy říká, že církevní právnické osoby dají k dispozici badatelům své kulturní dědictví, ovšem za podmínek, které si samy stanoví. Dostávají tak silný nástroj, jak své dokumenty či archiválie nezpřístupnit, uvedl soud.
Takzvaný konkordát, tedy smlouva uzavíraná mezi Českou republikou a Vatikánem, upravuje vztahy mezi státem a katolickou církví, jíž zaručuje konkrétní práva a svobody. Návrh na posouzení souladu smlouvy s ústavním pořádkem podala skupina senátorů, pochybnosti měl také prezident Petr Pavel.
Soudci se problematikou zabývali přes rok. Původního soudce zpravodaje Milana Hulmáka nahradil Zdeněk Kühn. Čtyři soudci uplatnili k výslednému nálezu odlišné stanovisko.
O souladu mezinárodních smluv rozhoduje Ústavní soud výjimečně, v minulosti vedl dvě řízení, která se týkala lisabonské smlouvy. Tehdy rozhodl, že smlouva, která reformovala unijní instituce a rozhodovací mechanismy, ústavnímu pořádku neodporuje.
