Vyšetřovatelé jako důkaz viny Němcovové použili její vyjádření pro jeden ruský server, v němž dala otevřeně najevo, že stojí v čele Nadace Borise Němcova za svobodu, zajišťuje její financování a negativně hodnotí různé události v Rusku.
Jako důkaz proti novinářce vyšetřovatelé použili také její loňský projev v černohorské Budvě, kde hovořila o své roli v nadaci. Obhájce Němcovové u soudu řekl, že jeho klientka se necítí být vinna.
Rusko od roku 2015 zařadilo na seznam nežádoucích organizací stovky subjektů, včetně Amnesty International či Yaleovy a Stanfordovy univerzity v USA.
Letos do seznamu přidalo například nadaci Human Rights Foundation (HRF) sídlící v New Yorku, kterou vede Julija Navalná, vdova po ruském opozičním vůdci Alexeji Navalném.
Nadace Borise Němcova pro svobodu figuruje na seznamu nežádoucích organizací od roku 2024.
Letos v září na Němcovovou ruský soud vydal zatykač kvůli činnosti pro nadaci a krátce nato ji úřady označily za takzvaného zahraničního agenta, což je ruské oficiální označení pro subjekty přijímající zahraniční podporu.
Nadace vznikla v roce 2015 a sídlí v Bonnu. Boris Němcov byl v 90. letech gubernátorem Nižegorodské oblasti a krátce ruským vicepremiérem, poté byl několik let poslancem. Po odchodu z parlamentu v roce 2003 byl spoluorganizátorem protestů proti režimu prezidenta Vladimira Putina, jehož vládu kritizoval za narůstající autoritářství, zpronevěry, krádeže a korupci.
Němcov byl zastřelen v únoru 2015 v centru Moskvy. V té době pracoval na knize o zapojení ruských ozbrojených sil do bojů na východní Ukrajině na straně separatistů.
Za jeho vraždu byla odsouzena skupina Čečenců, objednavatele se ale vypátrat nepodařilo.